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一、知识产权
（1）要质还是要量：高新技术企业认定办法中对知识产权采取了量化的方式，虽然进行了分类评价，但依然没有考虑到不同行业、不同规模的企业在获得知识产权类型及时间节点的问题，如生物医药类企业基本以发明专利为主但授权时间较长，软件开发类企业多以软著为主，但评价分数并不占优，应考虑不同行业知识产权的分布情况进行综合评价。同时单纯的量化指标也催生了大量的垃圾专利，违背了科技创新的初衷，造成了公众资源的浪费，企业无故的付出，催生了一批以编造知识产权为生的公司。
（2）时效性：企业的研发过程是一个相对系统的活动，只有研发活动的存在才会有知识产权的产生，应紧紧围绕研发活动及主营业务进行知识产权规划，知识产权应该与研发活动紧密关联，而不应该脱离研发活动。所以企业有规范的研发项目管理是前提，知识产权的获得一般不早于研发项目立项初始时间。
（3）权利人共有：企业研究开发的过程通常不能自己独立完成，社会的发展形成了专业化分工，这样有利于提升效率。多数情形是通过委托开发、合作开发或集中开发形成研发项目主体，那么就会产生2个以上权利人共有的情形，那么这种形式获得的知识产权在评价时不应降低分值，原因在于一是鼓励合作研究开发，二是强化专利权人的署名意识。
（4）获得方式：在获得方式上无论是自主研发、受让、受赠还是并购都是获得知识产权的重要路径，而不能因为获得方式的不同而区别对待，这样有利于知识产权的运用和管理，而不会造成知识产权资源的闲置浪费。通过市场交易进行对价有利于企业重视高价值专利的培育，减少垃圾专利的产生，所以我们需要额外关注的是价值较低或关联度较差的知识产权的转移，而不是转移行为本身。
二、研发费用
（1）研发费用投入强度：在没有可期的经济效益或社会效益情况下，一般企业倾向于减少研发费用的发生，利用较低的研发成本获得较高收益。例如独立开发能力欠缺的情况下采取委托开发方式，前期采取跟随战略进行模仿（），这些都是市场经济下正常的行为，前提是符合相关政策法规。研发投入的高低能否证明企业的创新能力呢？显然不是，例如研发投入分别为5元和10元，但产生的收益均为100元，那么这两种情况下，哪个更有价值？很显然是投入5元产出100元更符合市场行为，但导入到高企指标中，5比100，与10比100，后者研发比例更高，反而得到优待，这样的情形下我们需要重新考虑指标的合理性。
（2）研发投入产出的周期性：研究开发是一个验证可行性的科学行为，面临较大的风险和不确定性，新产品的诞生初期以研究开发投入为主，当期并不会产生较大的收益，不同行业有不同的行业周期，一般在半年到五年之间不等，如软件类可能在半年甚至更短，生物医药类可能在5年或更久，那么在这种情况下，以研发费用占收入比例进行判定则有些偏颇，背离了政策具有引导性的初衷。
